La estructura del cuerpo humano se conocía casi por completo, debido a los nuevos métodos de microscopía y de inyecciones. Incluso se entendió la estructura microscópica del cuerpo. Pero tan importante como el conocimiento anatómico era la comprensión de los procesos fisiológicos, que se dilucidaban rápidamente, especialmente en Alemania . Allí, la fisiología se estableció como una ciencia distinta bajo la guía deJohannes Müller , que fue profesor en Bonn y luego en la Universidad de Berlín . Un trabajador enérgico y un maestro inspirador, describió sus descubrimientos en un famoso libro de texto, Handbuch der Physiologie des Menschen (“Manual de Fisiología Humana”), publicado en la década de 1830.

Entre los alumnos ilustres de Müller estaban Hermann von Helmholtz , quien realizó importantes descubrimientos relacionados con la vista y el oído y que inventó el oftalmoscopio , yRudolf Virchow , uno de los grandes científicos médicos del siglo, cuyo logro sobresaliente fue su concepción de la célula como el centro de todos los cambios patológicos. El trabajo de Virchow, Die Cellularpathologie , publicado en 1858, dio el golpe de gracia a la visión obsoleta de que la enfermedad se debe a un desequilibrio de los cuatro humores.

En Francia, el fisiólogo más brillante de la época era Claude Bernard , cuyos muchos descubrimientos importantes fueron el resultado de experimentos cuidadosamente planeados. Sus investigaciones aclararon el papel del páncreas en la digestión, revelaron la presencia de glucógeno en el hígado y explicaron cómo la contracción y la expansión de los vasos sanguíneos están controladas por los nervios vasomotores. Propuso el concepto del ambiente interno -el equilibrio químico dentro y alrededor de las células- y la importancia de su estabilidad. Su Introducción à l’étude de la médecine expérimentale (1865;Una introducción al estudio de la medicina experimental ) todavía es digno de estudio por parte de todos los que emprenden investigaciones.